Переднеприводные версии оборудовались бесступенчатой вариаторной коробкой передач Multitronic. Несмотря на большое количество доработок, данная трансмиссия так и не ужилась в Audi A7 и в рестайлинговые модели она не устанавливалась.
Самой распространенной коробкой в Audi A7 является 7-ступенчатая роботизированная трансмиссия S-Tronic. В ней функционирует двойное сцепление «мокрого типа». Иногда в данной коробке возникают проблемы с мехатроником, замена которого осуществляется совместно со сцеплением.