В состав механической части тормозной системы Audi Q5, как и в большинстве моделей немецкого концерна, входят: главный тормозной цилиндр, усилитель тормозов и диски с колодками на передней и задней оси. В гидравлической составляющей присутствуют два диагональных контура, функционирующих по отдельности. Данное решение помогает повысить безопасность движения. Емкость тормозной жидкости располагается в моторном отсеке.
В бензиновых версиях Audi Q5 усилитель тормозов аккумулирует вакуум, который создается в полости всасываемого трубопровода. Благодаря этому, снижается уровень тормозного усилия, которое водитель должен приложить к педали. Всасывающий вакуум на дизельных моторах отсутствует, поэтому для снижения усилий производится установка вакуумного насоса.