Первая генерация автомобиля оборудовалась классической механической и роботизированной коробками передач. Основным достоинством механической КПП является простота конструкции и легкость обслуживания. Кроме этого ресурс данной трансмиссии, при должном обслуживании, очень велик. Роботизированная КПП является компромиссным вариантом между механикой и автоматом. Первые ее модификации являются не очень удачными, поэтому она постоянно подвергается доработкам.
Новая 8-ступенчатая коробка передач Tiptronic-S устанавливается во второе поколение Audi Q5 и отличается широким диапазоном передаточных чисел. Первая передача обеспечивает динамический разгон с места и хорошую тягу во время подъемов и по бездорожью.