Для того чтобы тормозная система работала эффективно, необходимо, чтобы тормозные механизмы всех колес работали согласованно. В Audi Q3 установлены три вида систем торможения: рабочая, запасная и стояночная. Задачей рабочей системы является остановка и замедление транспортного средства во время движения. Запасная тормозная система начинает функционировать при выходе из строя рабочей системы. Стояночный тормоз обеспечивает неподвижную стоянку автомобиля.
На Audi Q3 устанавливаются только дисковые тормозные механизмы на обе оси. При интенсивном торможении диски на передней оси сильно нагреваются, поэтому на автомобили с мощной силовой установкой рекомендуется производить вентилируемые тормозные диски.