В Audi Q3 устанавливалось два типа коробки передач: механическая и роботизированная. Первая КПП имеет шесть передач и выполнена по классической схеме. Данная трансмиссия устанавливалась на большинство моделей Audi, вне зависимости от типа кузова и моторной установки.
Роботизированная трансмиссия получила маркировку S-tronic. В ее конструкции присутствуют два вала, которые позволяют осуществлять переключение ступеней, не теряя при этом мощность. Благодаря этому наблюдается повышение динамических показателей и снижение расхода топливной жидкости.